Das Stadtmuseum Nordhorn veranstaltet regelmäßig Sonderausstellungen zu Themen der Nordhorner Stadt- und Textilgeschichte oder auch der Regionalgeschichte der umliegenden Grafschaft Bentheim. In der Vergangenheit fanden etliche Sonderausstellungen in enger Kooperation mit Veranstaltungen und Ausstellungsprojekten des Kulturzentrums Alte Weberei und der ebenfalls in der Alten Weberei beheimateten Städtischen Galerie Nordhorn statt.

Im Jahr 2012 zeigt das Stadtmuseum eine Sonderausstellung mit dem Titel „Nordhorn in der Weimarer Zeit und im Nationalsozialismus“, die ab April im Povelturm zu sehen sein wird. Die Ausstellung wird unterstützt von der Emsländischen Landschaft e.V. . Im NINO-Hochbau wird im Januar 2013 eine erste Sonderausstellung mit Modefotografien von Helmut Newton aus dem ehemaligen NINO-Werbearchiv zu sehen sein.

Weitere Ausstellungsprojekte in 2013:
Im Povelturm:
„Nordhorn im Wirtschaftswunderland 1948 – 1969“ (ab März 2013)
Im NINO-Hochbau:
„ Zur Geschichte der Gastarbeiter in der Grafschaft Bentheim“ (Arbeitstitel), in Zusammenarbeit mit der Volkshochschule des Landkreises Grafschaft Bentheim (ab November 2013).